家蚕(Bombyxmori)是由中国野生蚕(Chinesewildsilkworm)和野桑蚕(Bombyxmandarina)驯化而来，野生蚕和家蚕是很好的用于研究蚕丝蛋白合成相关基因的模型，因其丝产品差别很大，丝腺的基因很可能差异表达。重庆大学张泽教授团队应用mRNA高通量测序(RNA-seq)方法，鉴定了家蚕和野生蚕中后段丝腺部位的差异表达转录本。其中的RNA-seq工作主要由诺禾致源承担。文章发表在年2月的BMCGenomics(IF4.04)。
研究方法
选取两种家蚕品种(Chunhua:D_CH,Chunyu:D_CY)，两种野生蚕品种(W_AKBH,W_AKSQ,分别选自陕西省Ankang的Baihe和Shiquan)。每个品种选雌雄各5只第三天的5期龄虫，取中后段的丝腺进行转录组测序。文库构建各样本取3mg总RNA，按照IlluminaTruseqRNApreparationKit操作步骤构建bp-bp插入片段长度的cDNA文库。测序策略为IlluminaHiSeqPE，每样品产出数据5Gbcleandata。
首先，通过RNA-seq数据分析鉴定出个新转录本。每品种蚕有约58%的基因表达（RPKM≥1），富集分析丰度最高的GOterms是结合功能（40%）和催化活动功能（40%）。其中，有8个基因的表达量极高（RPKM00），这些基因在编码丝蛋白或蛋白合成中具有重要作用。
其次，比较了家蚕和野生蚕的转录组，筛选出32个关键性共有差异表达基因，其中16个基因在家蚕中上调表达，16个基因则在野生蚕中上调表达。本文随机挑选了15个差异表达的基因进行了qPCR验证。表达量验证结果大部分与RNA-seq数据一致。在随后的GO富集分析中，得知野生蚕中上调的5个差异表达基因与免疫相应有关，7个与抗氧化系统有关。而在家蚕中，上调的基因主要是与组织发育、蛋白分泌和代谢有关。
最后作者得出重要结论：家蚕中上调表达的差异基因可能主要与丝蛋白高效合成和分泌有关，而野生蚕中的上调差异表达基因则更多地与病菌抵抗和环境适应相关。这符合我们的科学认知，这部分结果也为研究家蚕和野生蚕丝产品差异制提供了新的基础。
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